| 在台湾现代农业发展的历程中，长期以来，一直十分注重农业科技研究与应用工作。60多年来，台湾农业管理部门顺应经济和社会发展的需要，在不同时期确立了不同的农业科研任务，根据总体经济发展战略和方针，制定相应的农业科技发展政策，指导农业科技投资和研发的方向，有力推动了以农业科技带动岛内农业产业转型升级目标的实现，科技对台湾农业增长贡献率达60%。
农业科研有力促进了台湾农业转型
上世纪50年代，台湾大力实施以良种为中心的技术革新，大量引进、推广新品种和新技术，同时重视发展农用工业技术，增加对肥料、农药、农膜等重要生产资料的投入，从而迅速提高农业生产效率与效益。农业的成功不仅保证了台湾粮食实现自给，增加了农业产出和农民收入，还创造的大量农业资金与劳动力剩余，形成了对工业品的原料供给与市场需求，为台湾早期工业化发展奠定了基础。
60年代中期后，随着岛内工业化的快速发展，传统农业竞争优势的下降及需求结构的变化，台湾农业管理部门加速推动农业转型与结构升级，积极发展资金、技术相对密集的园艺业、畜牧业和农产品加工业，农业科技的重点随之调整。一是对传统农业生产技术进行改良，以水稻生产为例，1963年台湾实施了“水稻生产改良技术综合示范及推广计划”，在先进耕作技术配合下，水稻实现高产稳产，一般每公顷产量3.85吨以上，比世界平均水平高18%；二是引进开发高价值的新品种，重点是芦笋、水果、蔬菜等园艺产品，如1953年自海外引进的芦笋、蘑菇等，经改良开发成为60年代和70年代台湾农业创汇的主要产品之一；三是引进开发农产品精深加工技术，促进挤压技术、食品放射照射处理技术、真空包装技术、自动化技术等广泛应用于农业及农产品加工业，推动农产品由初级产品为主转为以精深加工品为主；四是加快发展养殖业科技，促进农业由植物性产品为主转变为动物性产品为主，三元猪优良品种、白色羽毛鸭、罗非鱼等的杂交选育，推动了台湾畜牧业及水产业的迅速发展。科技进步使台湾的农业产业结构得以持续调整和升级。
高新技术引领台湾现代农业产业升级
上世纪80年代是全球新技术革命兴起的时期，被誉为第三次浪潮，台湾农业管理部门十分重视高新技术对农业科技的导向作用，1982年确定发展8大科技作为科技升级带动产业升级的重点，在农业高新技术方面重点加强生物技术、食品科技、微电脑和自动化技术研发。1984年制定并实施“农业升级”计划，重点发展精致农业，利用自动化技术发展技术密集的设施农业，利用高新技术改良农畜、水产品种等。1986年，台湾颁布《加强农业建设纲要》，强调开发动物生物制剂，发展农副产品精深加工技术、特种及多用农业机械、渔业声纳技术、遥感技术等，推进农业技术升级，希望利用现代科技提高农产品价值和提高农业生产效率，发展精致农业，因此高度重视农业与现代科技结合的研究与应用，充分发挥现代科技在农产品开发上的巨大潜力，提出要创造新一轮的“农业黄金时代”。
1992年，台湾“行政院行政院农业委员会”（原属台湾省农林厅，简称“农委会”）依据《台湾科学技术发展十二年长程计划及六年中程计划》和《农业综合调整方案》等有关农业科技发展目标，以及历次“行政院”科技顾问会议农业组顾问建议事项，确定生物技术、生物防治、种苗繁殖、栽培渔业、动物用生物制剂等5个领域为研究发展重点，加以推动实施。其中，仅台湾“农渔牧产业自动化”10年计划就投入经费25亿元新台币。1995年，台当局公布的《农业政策白皮书》提出未来台湾农业长期发展的4大方向，首要方向就是“发展科技导向的农业”。
自上世纪90年代以来，台湾“农委会”重点实施了《农业科技计划产学合作实施要点》、《农业新兴重要策略性产业部分奖励办法》、《“行政院农业委员会”科学技术研究发展成果归属及运用办法》、《农业实验研究教育及推广人员奖励办法》等，通过政策的制定和实施，充分发挥科技人员的积极性和创新性，确保农业科技资源的有效利用，促进科技成果转化，提高农业综合生产力水平。
2000年，台湾“农委会”研究拟定“迈进21世纪农业新方案”，作为今后数年农业政策蓝本。该方案提出了“发展农业知识经济，厚植农业竞争利基”策略，明确了新世纪初台湾农业知识经济的发展重点，即21世纪前10年台湾农业科技发展方向主要是：在生产方面：建立高科技、高效率的农业生产体系，提高自产农产品的市场竞争力，突出加强生物技术的研发与运用，加速农业自动化与信息科技应用，提升产业竞争力；在生活方面：生产卫生、安全、高品质且多样化的农产品，提升人民生活品质，重点发展高品质且多样化的农产品，满足消费大众需求；结合民间力量发展食品科技，带动产业发展；在生态方面：减轻农业生产对环境的冲击，强化农业支持生态环境维护的功能，重点改进动植物生产、检疫防疫技术与体系，保护台湾岛内农业生产环境；加强农业资源保护利用，维护自然生态环境。仅2001年台湾农业管理部门用于扶持农业知识经济发展的经费预算就达到新台币450.01亿元，2002—2004年约有195.18亿元新台币用于支持农业知识经济发展。
在2001年台湾“农委会”制定的《农业科技发展中程纲要》中，包括11个研究领域，分别是作物科技领域、林业科技领域、渔业科技领域、畜牧业科技领域、农业环保科技领域、农产品加工科技领域、农业自动化科技领域、农业共通性科技领域、农业生物技术领域、林业防灾科技领域。仅2000—2004年度，就投入241.56亿元新台币用于支持农业科技研究。
2008年台湾新领导人上台后，更加重视发展高新技术在农业上的应用。特别是近年来，尤其重视加强生物技术和信息技术在农业上的应用，在政策上支持利用生物技术，多种基因选殖技术达到国际先进水平，芦笋超雄株育种技术名列世界前茅，竹子花药培养育种为世界首例，香蕉组织培养的健康种苗已大量进入商业性生产，居国际领先地位。此外，还将遥测技术运用于农业生产，利用信息技术发展电子商务等并广泛应用于生产，从而使台湾农业技术水平一直保持世界领先地位。
强化对农业科研的管理
为了加强农业科技研究发展的政策制定、计划执行、项目管制与运作，台湾设立了相应的科研管理机构。
如1986年，为提升农业科技水平，加强科技计划的管理与考核，台湾“农委会”成立“农业研究发展小组”，1993年经过改组，确定该小组的主要任务为：农业科技发展政策及法规的拟定；计划的规划、评审及预算编列，计划的推动、管理、成果检讨与绩效的考冲；人才培养及国际合作的规划、推动与管理；科技会议的筹划及其结论与建议事项的推动；与相关“部、会”、学术及研究机构有关农业科技计划的协调与联系。后来，又改组为“农业科技研究发展委员会”，主要负责农业科技项目的管理。农业生物科技的基础研究则由“国科会”生物处主管。
为加强农业技术发展规划及“国科会”农业科技研究发展计划的执行、管制与运作，在“农委会”内部又设立“农业科技审议委员会”，该委员会的任务是：农业科技研究发展方向规划的咨询，农业各产业技术发展政策、制度、法规、策略及重大方案审议之咨询，农业科研计划资源分配审议的咨询，农业科研计划成果检讨审议的咨询，其他农业科技发展事项的咨询。该委员会下设农业、林业、渔业、畜牧及生物技术5个技术领域审议小组，各技审小组的任务是：对“农委会”个别产业技术发展规划及审议的咨询，“农委会”科研计划审查及管理考核咨询，“农委会”科研计划与业界合作事项协调及审议的咨询，“农委会”有关科研计划事项的咨询。
为加强农业科技研究发展计划执行绩效评估，促使农业科技研究经费有效运用，“农委会”于2001年3月成立“农业科技绩效评估委员会”，该评委会的任务是：以农、林、渔、牧及生物技术等领域科技研究计划为对象，评估过去该领域的研究计划执行绩效；评估农、林、渔、牧及生物技术等领域科技研究成果所掌握的技术，以提升台湾地区农业产业竞争力的效益。评委会设委员23—25人，由“农委会”主任委员聘请学识优异、经验丰富，对产业科技、经济充分了解的相关产、官、学、研界专家兼任。评委会在对各领域专业技术进行评估时。根据需要聘请该领域的相关专家若干位参与绩效评估。此外，“农委会”还设立农业生物科技“国家型”计划咨询委员会，由7个领域的36位生物技术的知名专家组成。
健全的农业科技研发体系
台湾的农业试验研究机构是配合农业转型进程不断发展的。上世纪50至60年代，重点建立种植业研究机构；70年代后，随着农业产业结构的调整，适应园艺作物、畜牧业的发展等需要，先后成立了香蕉研究所、养猪科学研究所、台糖公司畜产研究所、亚洲蔬菜研究发展中心等，形成了既有省级农、林、水产、畜牧等各业综合性研究机构，又有糖、茶、烟、香蕉、养猪、葡萄、玉米等专业研究机构，以及区域性的农业改良场等较为齐全的农业科研体系。
其中，台湾中央研究院所属植物暨微生物学研究所、细胞与个体生物研究所、生物化学研究所、分子生物研究所、农业生物科技研究中心、基因体研究中心、生物多样性研究中心等机构主要从事涉农方面的学术与基础研究工作。以植物暨微生物学研究所为例，它创建于1 962年，其基础性研究包括植物分类学、生理学、病理学、生化学、遗传学、生物学、生态学等方面，其中突出的研究成果有高等植物染色体复制、稳定及分离，植物基因表达的调控等。整合型研究包括植物分化的分子生物学研究、种子成熟蛋白的基因调控及生物功能、竹基因工程的基础研究与应用、中药生物技术研究、水稻基因组序列分析等方面，其中最引人注目的研究当推水稻基因序列分析。目前，该所正在进行水稻第5条染色体的序列分析工作，预计在近年内可完成其全部序列测定工作。这项研究完成后，将为生物技术在水稻生产中的应用开辟广阔的前景。
岛内各公私立大专院校下属农学院、农艺学科系均设立有农林研究所，招收研究生，并进行相关学术研究，以培养农艺专家、农业科技人才为主。例如成立于1928年的台湾大学农学院，设置了农艺、农工、农化、植保、昆虫、森林、畜产、兽医、农经、园艺、农业推广、农业机械、食品等13个系，另有植物病虫学、畜产所、兽医、渔业科技、渔业生物试验、农业工程学等10余个专门的研究所。全院教师356人，其中教授259人，副教授97人。该院标志性成果有生育酚浓缩制剂，山羊和水稻有用基因转殖，应用卫星资讯开发精准农作物生产系统，以及检测十字花科植物种媒黑斑病病原的半选择性培养基制剂等。
另一所成立于1919年的中兴大学，设有农艺学、园艺学、畜产学、林学、植物病理学、水土保持学、食品暨应用生物科技学、土壤环境科学、昆虫学、生物产业机电工程学、农业经营学、兽医学等10余个系，及农业推广教育、生物科技学、农村规划、兽医病理学、兽医微生物学、兽医公共卫生学等研究所以及兽医教学医院、动物疾病诊断中心、生物科技发展中心、土壤及地下水污染整治研究中心等科研机构。
台湾“行政院农委会”下属的农业科研机构数量最多，在种植业方面，包括：农业试验所（下辖嘉义分所、风山分所、关西工作站）、各农业改良场：台东农业改良场、台南农业改良场、花莲农业改良场、高雄农业改良场、桃园农业改良场、苗粟农业、蜂蚕业改良场、茶叶改良场、种苗改良繁殖场等；在畜牧业方面，包括：畜产试验所（下辖恒春分所、新竹分所、宜兰分所）、家畜卫生试验所及各畜产繁殖场，包括台东畜产繁殖场、花莲畜产繁殖场、高雄畜产繁殖场、彰化畜产繁殖场、澎湖推广中心等；水产业方面，包括：水产试验所（下辖高雄分所、台南分所、鹿港分所、台北分所、东港分所、台东分所）、新港工作站；此外，还设有省农业药物毒物试验所、农业药物毒物试验所、特有生物研究保育中心、农业工程研究中心、农业机械化研究发展中心、台湾香蕉研究所、台湾渔业及海洋技术顾问社、台湾动物科技研究所等一些专门科研机构。
这些农业科研机构各自分工清晰，任务明确，分别有自己侧重的科研目标。以畜牧业科研机构为例，省畜产试验所是综合研究中心，养猪科学研究所专门研究大宗畜产猪，疾病防治有省家畜卫生试验所，宜兰畜产分所研究鸭，新竹畜产分所研究乳牛，恒春畜产分所研究肉、役牛，另有苗栗、彰化、高雄、台东、花莲等5个畜禽繁殖场加以配合，便于基础研究、品种和技术的改良科研以及成果推广三者之间的紧密联系与合作。
在台湾，还有不少冠名“财团法人”的农业相关研究所，它们一般由台当局农业管理部门或专门的企事业机构出资成立的非营利性的研究机构，从事应用研究，以加速提升农业技术为宗旨；同时，它又是一个民间组织，讲求经济效益与社会效益，以包容性、前瞻性、尖端性为重点，其成果转让为非独占性，适时以多种方式推广至产业界，并提供技术服务，辅导培训农业技术人员。这类机构在种植业方面，包括：农业种子资料中心、台湾烟叶研究所、亚太粮食肥料技术中心、台湾糖业研究所、亚洲蔬菜研究发展中心等；在畜牧业方面，包括：台糖公司畜产所、财团法人养猪所、实验动物繁殖与开发中心、联合国粮农组织养猪所等；此外还有亚洲土地改革与农村发展中心、生物技术开发中心、亚洲农业服务中心、农业工程中心、台湾食品工业发展研究所、中华谷类食品工业技术研究所等。
以台湾食品工业研究所为例，该所是1965年由台湾罐头食品工业同业公会、前“行政院国际经济合作发展委员会”及前“中国农村复兴联合委员会”共同筹划捐资设立，初期目的是协助台湾罐头食品业提升产品的国际竞争力，之后逐步扩展研发领域，包括食品与生技产业的关键技术，成为目前台湾食品产业规模最大的研发与专业培训机构。1982年，该所又成立菌种保存及研究中心，2002年更名为生物资源保存及研究中心，是目前亚洲最完整的生物资源中心。2005年本所成立南台湾服务中心，进驻位于台南市的南台湾创新园区，并于2011年负责营运经济部嘉义产业创新研发中心，成为服务台湾南部地区各类食品企业的专门机构，集农产品贮存、食品加工、食品工程、食品包装、食品调料、油脂加工、菌种保存、生物技术、食品分析、食品资讯等方面的研究开发和推广服务于一体，为台湾食品工业的发展提供了强有力的技术支撑。
与大陆相比，台湾农业科技体系除学科门类较为齐全、综合性机构与专业机构相结合外，还有一些自身的特点，包括研究、教学与推广紧密结合，人员交流顺畅；科研、中试、推广等系列科技工作分工合理，相互衔接，使科技成果能较快形成生产力；科技机构以自然地理区域而非行政区域设置，能根据生产发展需要与农业结构变化及时调整；科研人员编制精干，素质较高；国际学术交往频繁。
促进农业科技研发产学结合
受美国和日本的影响，台当局十分重视产学（即企业和高校科研机构）联合的科研体制改革，通过制订和实施产学计划、投入资金、制定作业流程等加以推动，把加强产学研攻关体系作为重点，强化高校在科研中的作用，把大学作为基础科研的主要基地，科研机构从事应用型研发，企业承担商品化研发和实用型生产。其主要特点是：拥有以产业为依托的大学及研究所等的学术研究机构，建立了具有活力和市场竞争力的高新技术产业群，加大对知识人才的吸引力。产学的有机结合为社会经济的发展培育了技术人才，在把知识转化为社会生产力方面发挥了极其重要的作用，已被证明是推进科学研究同经济建设相结合的有效途径。
在农业科技研发方面，台湾也十分重视产学结合。为鼓励科技人员的科技协作，共同协助产业界研发前瞻性技术，以维持台湾农业竞争优势，1998年8月，“农委会”发布了《农业技术计划产学合作实施要点》，经过2001年4月及2002年12月两次修正，并补充颁布了《产学计划管理条例》，就产学合作计划实施目的、产学合作计划范围、参与业者、业者研发技术已有初步成果条件、计划项目申报评审流程、项目计划执行期限、业者研发技术（含专利）使用权、经费使用规定、计划执行期末报告书、所获得之智慧财产权及相关研发成果、归属、管理及运用等作了明确规定。
该合作计划具体为“农委会”或所属试验研究机关以外的行政机关与产业界共同出资，委托或补助学术单位或研究机构承担实施，或“农委会”所属试验研究机关与产业界共同出资，并由“农委会”所属试验研究机关承担实施。其中，产学合作计划业者是指依法设立的公司、财团法人、非营利社团法人、农民团体与产业团体，合作范围涵盖农、林、渔、牧、食品加工、环境控制机械及生物科技等，同时明确“农委会”的经费支持主要用于人事费，研究设备费，包括杂支、材料、仪器设备维护等其他研究有关费用，管理费和必要的技术转移费用。如为推动研发成果落实产业应用，每年执行产学合作计划项数均超过100多项，每年投如经费约2亿元新台币。
台当局积极鼓励民间业者参与农业技术研发，提供优惠措施，如依参与业者的条件办理优先技术转移及技术授权。即参与的业者配合出资比例若达计划总经费10%以上者，可于计划执行期间及结束后工年内获得优先非专属授权，出资比例达计划总经费30%以上者，可获得5年以内的专属授权。
由于该计划将主管部门的研究能量向产业延伸，结合学单位资源与农企业力量，携手共同解决产业界技术开发的瓶颈，对于缩短企业产品开发时间，降低生产成本，提升农企业科技水准，促进产业升级与提高农业国际竞争力起了重要推动作用。实施后不仅计划项目数量逐渐提高，厂商参与意愿增强，投入经费也持续扩大，间接促进了农业相关产业发展。
这种产学合作创新机制，一是加强跨部门合作，积极促成跨国企业研发中心、岛内企业研发中心、与学界之间的研发创新合作；二是通过一系列的立法和机制创新，建立起使公立科研单位的成果可通往企业的桥梁，消除了公有科研单位科研成果不能被企业分享的障碍。并推动大学行政法人化，公教分离，评估大学与研究机构合作前瞻研究的产业科技绩效，要求兼及技术授权和利用研发成果，催生新科技衍生企业；三是大学与产业界的产学合作方式日益多样化，包括业界担任学校董事会成员，参与学校的研究与教学，担任研发有限责任合伙模式下的各种策略伙伴等。但受限于产业发展轨迹和组织制度因素，台湾产学之间在研发创新的互动关系上，仍然有待提升。目前大学与产业的产学关系较偏向“研究与训练的开发”部分，而少涉及“智财开发”端，未来产学合作将往“智财开发”方向发展。
台湾农业科技研发主要成就
品种的引进与改良是台湾农业科研的重点之一。台湾长期坚持大量引进种质资源，1967、1970、1986年曾3次组织引种团，前往中南美洲、地中海、东南亚等地进行大规模有组织的引进工作，1986年一次就引回各类农作物品种860余种。上世纪70至80年代仅引进的葡萄种质就达200多个。在广泛引进的基础上，坚持以市场为导向，对种质资源进行试种驯化和改良，培育出适合本土生产的新品种，迅速推广。
台湾并不满足于仅对引进品种和技术进行改良，而是不断开拓农业新科技，在育种、水产人工养殖、食品加工、果树产期调节技术等领域取得一系列先进科技成果，逐步扭转了依靠外来技术和品种的被动局面。“农委会”所属农业试验所及其分所均有相当规模的种质库。建于1973年的亚洲蔬菜研究发展中心，有来自10多个国家和地区的科学家在此工作，库藏植物种子达4.1万种、蔬菜种原多达5.6万个，被称为全球最大的植物种子银行，中心致力于提高蔬菜的产量与质量，训练研究和推广人才，为台湾农业做出了重要贡献。
多年来台湾杂交选育的水稻品种多达200种以上。其改良目标早期以产量为主，其后重视抗病抗虫及米质优良品种的选育。目前，稻米研究与生产以优质米为主要方向，如育成的台农8号及9号，香米品种台农71号等。如今在台湾各地，已没有一处水稻秧田，水稻育秧已全部实现工厂化。
甘薯原是以食用、饲料用及淀粉用为选育目标，近年来以蔬菜、加工食品为主要生产目标。甘薯育种的成绩卓越，除育成饲料用品种外，尚有淀粉用、蔬菜用等不同用途的新品种，同时育成适应不同季节生产的品种。
蔗糖早期的品种改良以引种成功的NCO 310最为著名，具有早熟、高糖及宿根力强的特性，栽培此一品种的面积，曾高占甘蔗总面积的94%。其后育成的高糖、早熟、抗病虫品种均以F系列命名，共计44个品种。
茶为台湾另一最具重要性的特用作物，包括青心乌龙、青心大有、大叶乌龙、硬枝红心等4大名种。台湾自上世纪50年代开始进行菇类的引种、选种、育种与建立栽培技术等试验，目前菇类生产技术在世界上仍然居于领先地位。
近年来，台湾以水果为主的地区品种更新很快，新品种层出不穷。如甘蔗品种选育，1959年台湾育成F146，此后每隔2至3年就推出1个新品种，F系列品种推广面积占台湾甘蔗种植总面积的98%以上。芒果、木瓜、柑橘、百香果、番石榴、印度枣、梨、水蜜桃、莲雾与菠萝等也选育出许多优良品种。如莲雾，将以往的夏季产期调整为全年均可收获，尤其以冬果的质量最佳，价格也最高。
台湾多年来花卉研究工作卓然有成，蝴蝶兰、文心兰、唐菖蒲与菊花等配合健康无病毒种苗及保鲜技术的开发，得以大量外销；近年来加强育种工作，并利用生物技术设法开创新的花色。
在农作物生产技术改进方面，如甘蔗条植法、菠萝密植法、葡萄1年2熟培植法、平地梨嫁接温带梨、莲雾产期调节以及各种果树矮化等都取得成功。大型养猪场及养鸡场的自动化管理技术已经达到普及，牛瘟已被完全扑灭，猪瘟、鸡瘟等主要家禽疾病快速诊断技术较为成熟，已研制出猪瘟、新城鸡瘟及马立克等疫苗、猪瘟组织培养疫苗及猪霉浆性肺炎疫苗和牛流行热及牛鼻气管炎疫苗。可以利用胚胎移植技术，大量繁殖优良动物品种。
再如水产养殖，由于攻克了鱼、虾人工养殖等一系列技术难关，基本实现机械化及自动化，箱网养鱼、牡蛎深海养殖、淡水鱼混养、吴郭鱼单性养殖等获得成功，开发的九孔立体式养殖技术蜚声国际。利用鱼贝类的基因工程，开发质优、抗病、抗寒、无骨少刺的改良品种，并使鱼贝生长速度显著增加，提高养殖渔业效率。鱼病诊断技术及疫苗等研究亦进展快速。与上世纪50年代相比，目前台湾水产养殖面积仅扩大1倍，养殖产量却增加了近20倍，产值更增加了近百倍。
在高新技术方面，台湾积极发展自动化技术、生物技术等。“农委会”采用航空遥测技术，迅速有效收集第一手资料，为农业生产提供有效而准确的信息。用在农业生产上的自动化技术还有农作物受灾预测及遥测、地理资讯系统、卫星定位技术等。
在生物技术方面，上世纪80年代，台湾科技人员即利用组织培养大量繁殖、生产健康香蕉苗及高质量兰花苗，如今已建立百余种作物的繁殖技术，实际大规模应用的如草莓、康乃馨、金线莲、马铃薯、兰花、百香果等，已形成作物组培苗的新兴产业。对水稻、芦笋、木瓜、玉米等作物的单倍体植株，缩短品种改良所需的年限。台湾许多药用植物的研究上也颇见成效，特别是二次代谢产物的生产，经由产学合作，以红豆杉醇的研发最具成果。遗传工程研究发展也极为快速，例如以基因工程为基础培育出抗虫白菜和甘蔗、抗轮点毒素病木瓜植株，抗虫花椰菜植株，抗毒素病植株甜瓜与苦瓜，以及抗病害水稻、马铃薯等，成功育成水稻抗稻热病及玉米抗露菌病新品种，繁殖成功无病毒马铃薯及草莓，采用生物防治方法杀灭虫害，成功开发检疫杀虫处理技术。畜牧方面，开发出多种生物技术防治疫苗。
未来台湾农业科技发展目标
未来台湾农业生产领域科技发展目标是建立高科技、高效率的农业生产体系，提高台湾产农产品的市场竞争力。其研发重点是：加强生物技术的研发与运用，创造台湾农业新的绿色革命。开发具有重要经济性状的新品种、生物性农业生产资材、诊断试剂、疫苗及高价值的二次代谢物，与传统农业生产技术相辅相成。同时加强生物安全性评估，避免产生人类无法预期的生物产品，对于现有生态环境及生物群造成冲击；加速农业自动化与信息科技应用，提升产业竞争力。积极推动农、渔、牧生产及农产品服务业自动化与电子技术的研发及应用。此外，扩大充实农业信息网际网络，提供各界完整、快速、正确的信息，作为生产指导、运销规划参考。
在农村生活领域，其研发目标是生产卫生、安全、高品质且多样化的农产品，提升民众生活品质。其研发重点是：发展高品质多样化的农产品，满足消费需求。运用品种改良、营养诊断、产期调节、生物防治、设施栽培及收后处理科技，减少化学肥料、农药、饲料添加剂及兽药使用，保障消费者饮食安全。开发有本土特色的稻米、杂粮、农特产品、水产品及禽畜产品，强化本地产品与进口品的差异性；结合民间力量发展食品科技，带动产业发展。共同开发冷冻、冷藏技术，保留农产品原有特色、延长保存期限、扩大流通范围、提高附加价值。开发调理及半调理食品，发展方便性、便捷性的加工食品，带动消费潮流。针对现代文明带来的各种疾病，开发特殊的保健膳食。
在生态环境领域，研发目标是减轻农业生产对环境的冲击，强化农业支持生态环境维护的功能。其研发重点是：改进动植物生产、检疫防疫技术体系，保护岛内农业生产环境。在生产过程中，应用高科技使农业生产对环境的冲击减到最低，资源利用效率达到最适，确保农业持续经营；加强开发综合性动植物病虫害防治技术，建立快速、精确的诊断与鉴定技术；加强农业资源保护利用，维护自然生态环境。继续加强种原搜集、保存与应用，发展珍稀及具有潜力物种的保护、繁殖科技。维护生物多样性；强化农业减少二氧化碳及其它温室效应气体排放量的功能；加强研发水土保持、坡地防灾及自然资源合理利用的技术；整合应用航测与遥测技术，更新土地信息系统，提供农业生产及管理所需信息。
台湾农业科技管理与研发体系
台湾农业科技研发机构主要由行政职能部门主管，如隶属“总统府”的“中央研究院”及其下属动物、植物、生物农业研究所等；“国家科学委员会”下属的研发中心；“行政院农委会”及其下属的各级农业科研机构。研究所多数属大学主管，试验所和改良场的主管部门主要是“行政院农委会”。此外，财团法人、公司等单位也设有少量研究机构。 作者：罗大伟 张起燕 | 
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